Skip to Content

Bakalářské práce

Webserver pro predikci a vizualizaci aktivních míst proteinových struktur Nezadáno

Cílem práce je vyvinout webový server zastřešující nástroj pro predikci protein-ligand aktivních míst na povrchu proteinových struktur vyvinutý na MFF UK [1][2]. Webserver by měl být schopen vizualizovat predikované části povrchů (s různýmy parametry) jak pro uživatelem definované struktury, tak by měl obsahovat databázi predikovaných struktur z PDB [3]. Aplikace by měla umožňovat vyhledávat proteinové struktury podle různých parametrů a interaktivně vizualizovat predikované povrchy.

[1] Radoslav Krivák, David Hoksza (2015) P2RANK: knowledge-based ligand binding site prediction using aggregated local features. AlCoB 2015, Springer 
[2] Radoslav Krivák, David Hoksza (2015) Improving protein-ligand binding site prediction accuracy by classification of inner pocket points using local features, Journal of Cheminformatics, 7(1), Chemistry Central, ISSN: 1758-2946 
[3] H.M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T.N. Bhat, H. Weissig, I.N. Shindyalov, P.E. Bourne (2000) The Protein Data Bank Nucleic Acids Research, 28: 235-242
 
Machine learning-based identification of separating features in molecular fragment
Aakash Ravi

Chosen molecular representation is one of the key parameters of virtual screening campaigns where one is searching in-silico for active molecules with respect to given macromolecular target. Most of the campaigns employ molecular representation where a molecule is represented by presence or absence of a predefined set of topological fragments. Often, this information is enriched by physico-chemical features of those fragments, i.e. the representation distinguishes fragments with identical topology but different features. However, given molecular representation always uses the same set of features irrespective of the specific target. The goal of the thesis is, given a set of known active and inactive molecules with respect to a target, to study the possibilities of parameterization of a fragment-based molecular representation with features (of feature weights) dependent on given target. The student will be given a very general molecular representation, targets represented by sets of known active and inactive molecules, and his/her goal will be to propose a machine-learning approach which would identify which of the features are relevant for given target. This information will be fed into the representation and used in virtual screening.

 
Utiliziation of uncorrelated multi-point pharmacophores in virtual screening Ondřej Mička

The goal of the thesis is to build an extension of a previously built pharmacophore fingerprint method for ligand-based virtual screening. The method is built on description of molecules based on predefined set of pharmacophores. A molecular fingerprint is formed using an information about which pharmacophores from the given set are present in a molecule. The basic set of pharmacophores is specific to given macromolecular target and it is built with a statistics method which detects which pharmacophores are able to separate active and inactive molecules. The thesis should extend this method in two ways: 1) implementation of a method for filtering out correlated pharmacophores and 2) implement the ability to utilize pharmacophores of arbitrary size (the original method used 3-point pharmacophores only). Both modifications require implementation of that modification and its evaluation using virtual screening and its comparison with the original method on similar or identical data sets.

 
Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur Richard Eliáš


Cílem práce je modifikace implementace metody schopné vizualizovat velké RNA molekuly. Metoda by měla být schopna použít existující struktury a jejich vizualizace jako šablonu. Na částech vizualizované RNA, kde se bude struktura schodovat se strukturou stávající bude použita vizualizace ze šablony a na zbytku struktury bude dopočítána.
 
Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur Richard Eliáš


Cílem práce je modifikace implementace metody schopné vizualizovat velké RNA molekuly. Metoda by měla být schopna použít existující struktury a jejich vizualizace jako šablonu. Na částech vizualizované RNA, kde se bude struktura schodovat se strukturou stávající bude použita vizualizace ze šablony a na zbytku struktury bude dopočítána.
 
Banka biologických materiálů - BBM Tomáš Polák

Jazyk: PHP
 

Stav: obhájeno

Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorů Vojtěch Šípek

Jazyk: C#

SMARTS jazyk je jazyk podobný regulárním výrazům, kterým umožňuje popsat vzory vyskytující se v chemických vzorcích. Je jím možné specifikovat, kde se v grafu chemické struktury mají vyskytovat jaké vzory a jak mají být propojeny. SMARTS jazyk je podobný jazyku SMILES (Simplified molecular-input line-entry specification), který se běžně používá pro 1D zápis molekul pro počítačové zpracování. Každý SMILES výraz je validní SMARTS vzor. Cílem práce je implementace webového nástroje pro grafický zápis SMARTS řetězců. Nástroj bude současně schopen pro (graficky) zadané požadavky na strukturu vygenerovat validní SMARTS řetězec (nebo jiný zápis s podobnou sílou) a ten použít pro dotazování do databáze chemických sloučenin (např. PubChem).

Stav: obhájeno

Generátor dat pro Microsoft SQL Server Jan Drozen

Jazyk: C#

Cílem práce je vytvořit software umožňující generování (pseudonáhodných) dat v rámci zadaného schématu pro Microsoft SQL Server. Výsledná aplikace bude umožňovat volbu tabulek, pro které mají být data vygenerovaná. Dále bude umožněno generování dat na základě regulárních výrazů, případně z předem definovaných datových sad (jména, povolání, ...). Vygenerovaná data budou podléhat integritním omezením pro dané sloupce. Aplikace bude sloužit jak vývojářům DB, tak administrátorům serverů pro testování v závislosti na objemu uložených dat.

Stav: obhájeno

DEBRA - Derscriptor Barn Khanh Chuong Le
Jazyk: Java

Client-server tool for aggregation various sources for molecular fingerprint computation. Server side will be responsible for fingerprint computation from various resources. That requires both, UNX and WIN servers and a client being able to comunicate with both of them. The server should be reachable using the client and through web services. The client should be able to consume both input files and web services. The should process into output format ready for visual inspection or further share it using unified interface.

 

RNA Secondary Structure Visualization Tomáš Kadlec

Jazyk: 

The main aim of this project is to develop an extensible framework for displaying RNA macromolecules in PDB and mmCIF formats. The goal is to create a base program for which plug-ins could be easily made in the future (GUI, main kernel responsible for inner-communication between plugins within the program) with base functionality implemented through basic plug-ins (parser, basic viewer).

Stav: obhájeno

Podobnost proteinových struktur s využitím genetického programování Miroslav Šiagi

Jazyk: C++

Cílem práce je prozkoumání možností využití algirtmů genetického programování při určování podobnosti proteinových struktur. Jednou z důležitých součástí při určování strukturální podobnosti je zarovnání jednotlivých aminokyselin, na které je pak aplikována podobnostní míra. Práce by měla zkoumat možnosti aplikace genetických algoritmů na nalezení co nejlepšího párování aminokyselin. Vhodnost navrženého algoritmu pak bude ověřena na základě shody s manuální klasifikací proteinových struktur SCOP.

Stav: obhájeno

 
Import jednoduše strukturovaných dat do DB František Haško

Jazyk: C#

Cílem práce je vypracování importovacího nástroje pro import dat z CSV (, XML , ...) do do různých databází (MSSQL, Oracle, Firebird, MySql, PostreSQL, ...). Nástroj načte data ze "syrové" formy do přehledné formy a takto data zobrazí uživateli. Ten rozhodne, které atributy se přiřadí kterým databázovým tabulkám (tedy které hodnoty jsou číselníkové a které budou v hlavní tabulce) a následně provede import dat do DB, případně vytvoří importovací skript pro danou DB. Nástroj bude v maximální možné míře uživatelsky přítulný a bude umožňovat co nejširší volnost v definici jak data zpracovat a provázat do výsledných databázových struktur.

Stav: pohřešovaný

Vizualizace chemického prostoru Petr Škoda

Jazyk: C++

Problém vizualizace spočívá především ve velikosti databází chemických sloučenin a dimenzionalitě prostoru, kde tyto sloučeniny existují. Cílem práce je implementace a porovnání několika přístupů k vizualizaci chemického prostoru. Součástí práce bude i navržení modulárního GUI umožňující relativně lehkou implementaci dalších možných vizualizačních metod. 
 
Žádná předchozí znalost bioinformatiky ani hlubší znalost biologie není vyžadována.

Stav: obhájeno

Munis Instant Lukáš Tomasy

Jazyk: C#

Cílem práce je vytvořit knihovnu pro nápovědu zadávaného slova pro vyhledávání v databázi. Tj. na základě obsahu definovaných objektů v DB napovědět uživateli možná pravděpodobná doplnění. Knihovna bude nezávislá jak na backendu (databázovém stroji, struktuře databáze), který ji bude využívat, tak na frontendu. Součástí práce bude také client-server aplikace prezentující schopnosti vyvinuté knihovny. Knihovna, stejně jako aplikace, budou psané v jazyce C# v rámci .NET platformy.

Stav: obhájeno

Groupeas Miroslav Hrivík

Jazyk: C++

Cielom práce je vytvorenie softvéru umožňujúceho komunikáciu ľudí prostredníctvom internetu. Jedná sa o sociálnu sie so zameraním na skupiny. Užívateľom spojených spoločným záujmom umožòuje zdieľa postrehy, názory, videá, odkazy na stránky a upozornenia na nadchádzajúce udalosti. Súčasou bude administrátorský modul slúžiaci k správe aplikácie, taktiež správy RSS.

Stav: obhájeno

 

 

Informační systém pro cestovní kancelář Pavel Selement

Jazyk: ASP.NET

Cílem projektu je vytvořit webovou aplikaci pro intranet cestovní kanceláře. Aplikace bude sloužit pro uchovaní informací o zájezdech a generování plateních příkazů. Jedná se zejména o počty pokojů v jednotlivých hotelech a termínech a informace o osobách, kteří si pokoj zakoupili. Bude umožněno vyhledávání, vytváření nových zájezdů, editace stávajících, tisky a statistiky podle různých kritérií. V systému je nutné zavést uživatele s různými právy.

Stav: obhájeno

 

Oracle Visual Tools Eva Ondrášková

Jazyk: C#

Aplikace by měla usnadnit život vývojáři v DBMS Oracle poskytnutím sady nástrojů umožňující jednoduchý přístup k funkcionalitě, která je typicky použitelná spíše na úrovni příkayové řádky (pokud vůbec).
 
  • Interface k Imp, Exp
  • Interface k SQL Loaderu
  • Statement tracer (profiler)
    • Zobrazovat dobu průběhu
    • Selekce na dané akce (INSERT, UPDATE, DELETE, ...)
    • Interaktivní vazba na datový slovník

Stav: obhájeno

Databáze studentů a jejich plateb Marie Konárová

Jazyk: C#

Cílem práce je vytvořit databázovou aplikaci pro školu, která potřebuje evidovat platby studentů, své povinné i nepovinné předměty a aktivity mimo školní vyučování, jako jsou například výlety školy, sportovní kluby, hudební kroužky a jiné. V práci bude zahrnuto sestavovaní rozvrhů. 
Práce bude obsahovat:
  • Návrh a vypracování databáze žáků školy (docházka, přihlášky na mimoškolní aktivity, platby žáků), učitelů a předmětů
  • Program jehož činnost bude zahrnovat
  1. obsluhu databáze (vkládání, mazání a změny informací o studentech, učitelích, rodičích, akcích ...)
  2. výstupní informace o docházce a platbách uvedených akcí školy
  3. sestavení rozvrhů
  4. rozvrhy pro jednotlivé učitele, třídy a učebny
  • Programátorskou a uživatelskou dokumentaci

Stav: obhájeno

 

Bezpečné připojení uživatelů do datové sítě Jan Douša

 

  • Počáteční analýza firemní sítě a systému připojování k datové síti
  • Rozbor rizik průniku do datové sítě ze získaných informací
  • Návrh nového způsobu připojování k datové síti
    • Pravidla připojování k datové síti, která musí být dodržena
    • Návrh nového způsobu

Stav: obhájeno