Multiple RNA Structure Similarity

The thesis will be based on methods described in article "SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm". SETTER algorithm is designed to compare 3D structures of RNA, which can be understood as an ordered set of 3D coordinates, where each coordinate corresponds to one nukleotide. There also exist pairings between nucleotides, just like at DNA structures. SETTERS main principle is to divide the set of nukleotids to specific subsets then find the best matching between pairs of subsets and calculat the similarity score. Original version of SETTER can only compare pairs of RNA. However many real world applications need to compare a couple of RNA structures.

You can try SETTER here,
or You can reed about SETTER here

There are several ways to get multiple similarity score. At multiple sequence alignment the most common solution is to build a philogenetic tree and according to this tree create the alignmet step by step.
The second possible solution is to find the best match of GSSUs from all RNA structures.


Práce bude vycházet z metody popsané v článku "SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm". Algoritmus SETTER je určen k porovnání 3D struktur RNA, které lze chápat jako uspořádanou množinu 3D souřadnic, kde každá souřadnice odpovídá jednomu nukleotidu. Mezi nukleotidy navíc existuje párování podobně, jako je tomu u DNA. Princip SETTERu spočívá v rozdělení množiny nukleotidů v porovnávaných strukturách na specifické podmnožiny a dvojicím těchto podmnožin pak přiřazovat podobnosti. SETTER v původní verzi umí porovnávat pouze dvojice RNA, nicméně mnoho reálných aplikací vyžaduje přiřazení podobnosti n-tici RNA struktur. Takovéto rozšíření je náplní diplomové práce.